Anthropicは、社内の汎用リサーチモデルにClaudeを使い、タンパク質の構造予測やゲノム解析など6分野・30種類超のオープンソース生物学AIモデル(実装としては36パッケージ)を4週間弱で最適化させたと発表した。三角注意機構(triangle attention)や三角乗算の演算を高速化する独自カーネル「FlashPairformer」の実装のほか、冗長な計算のキャッシュ化や不要な処理経路の簡略化などをモデルごとに施した結果、出力を完全に変えない条件でも平均約1.6倍、高速モードでは平均約4倍の速度向上を達成したという。
特に、これまで単一のGPUノードでは精度を保った予測が難しかった1万トークンを超える大規模な生体分子系についても、新たに実装した低メモリモードによって単一GPUノード上での予測が可能になった。また、最適化済みのエージェント型タンパク質設計についても、従来と同等の設計品質を達成するのに必要なGPU時間を約100分の1に圧縮し、総額約150ドル程度のコストで完了できたとしている。
Anthropicはこれらの最適化コードをApache 2.0ライセンスですべて公開するとともに、タンパク質工学企業Adaptyv Bioと共同で、Claudeを使ったタンパク質設計コンペティションの開催も発表した。種を超えた交差反応性やpH応答性、GPCR標的など、現行のタンパク質設計技術にとって難易度の高い5つの課題を設定し、Adaptyv Bioの自動実験ラボで5,000件超の設計を無償で検証する。検証費用として両社合計100万ドル、参加者向けのClaude利用クレジットとして100万ドルを提供するほか、Modalが最大25万ドル分の計算クレジットを、Twist Bioscienceが合成用DNAを提供する。
出典: Anthropic
